会社やお店の経営に関する多岐にわたる様々なご相談について、国が定めた資格を持つ経営指導員４名と専門相談員１名を配置し、各分野の専門機関とも密に連携しながら応対に努めています。また、専門家に無料でアドバイスを受けられる「専門家派遣事業」もご利用いただけます。

無担保、無保証人のマル経融資（日本政策金融公庫小規模事業者経営改善資金）の取り扱いのほか、国、県、市の融資制度のご紹介、斡旋を行っています。

税務署、税理士会との連携のもと、税務の指導相談を行っています。また、諫早税務相談所、諫早青色申告会を設置して、個人企業の記帳から確定申告までの指導を行うサービスも行っています。

商工業者の意見・要望をとりまとめ、行政機関に対し建議・陳情を行うなど皆様の声を行政施策に大きく反映させています。そのほか、諫早万灯川まつりやのんのこ諫早まつりを開催し、魅力あるふるさとづくりにも取り組んでいます。また、長期的なビジョンに沿ってハード・ソフト両面から中心市街地の活性化に取り組んでいます。

経営に関する情報や各種お知らせを満載した“会議所ニュース”を毎月１回お届けします。また、ホームページ“いさはやＷＥＢ情報室”を開設、役立つ情報や地元諫早に関する様々な情報をリアルタイムに配信しています。

経営に関する各種講演会、新入社員、管理職セミナーなどさまざまな研修会を開催しています。また、独自に「社員教育支援助成金制度」も設けています。 更に、珠算・簿記・日商ＰＣをはじめ福祉住環境コーディネーター、エコ検定、カラーコーディネーターなど社会的に高い評価と信頼を得ている商工会議所の検定試験を施行しています。

業種ごとに所属する各部会の開催、青年部、女性会、国際経済促進協議会のほか様々な付設団体を設け、情報交換や交流を行っています。

経営者、従業員向けの生命共済、退職金制度等各種共済制度を設けています。
また集団健診のご紹介や独自の健康診断割引制度も設けています。

事業主のための退職金制度「小規模企業共済」や「経営セーフティ共済」制度の加入あっせんを行っています。また、ＰＬ保険、休業補償、個人情報漏えい賠償責任保険などの加入に関しては、「会員割引制度」を設けています。

そのほか各種会議等にご利用いただける貸会議室（会員は半額）、ＪＡＮコードの登録・更新事務、原産地証明事務、コピーサービス等を行っています。